Нужны фигуры (ромбы, прямоугольники) вложенные в другие фигуры. У фигур может быть не только содержимое, но так же же фон и заголовки. Между фигурами могут быть стрелки с надписями.

В Visio рисовать сложные диаграммы кране ресурсоёмко.
В Graphviz рисовать удобно, но не поддерживаются вложенные кластеры, а расположение узлов порой ужасает.
Большинство других редакторов (например, yEd) либо визуально примитивны, либо в них оформление это отдельная графическая сущность, а не стилизация логической сущности.