Здравствуйте, Ash-2, Вы писали:

A> Я не могу понять, как можно _раздельно_ управлять версиями этих файлов. Т.е. меня интересует отдельно история изменения php.ini — ее я могу посмотреть,
git log php.ini

A> а вот как восстановить его до определенного коммита, не затрагивая при этом apache.conf не понятно.
A> Подскажите ключевые слова, для поиска.
git checkout <commitid> php.ini
загрузится версия php.ini в твой рабочий каталог. Зафиксировать изменение:
git commit php.ini -m "решил откатить т.к. всё заглючило"