Здравствуйте, Sharov, Вы писали:

S>В том то и дело, что судя по логам, при мержах только один родитель. Это как?

Этого просто не может быть. При мерже всегда два родителя. Иначе это мерж чего с чем?
Если ты сам ничего "странного" не делал из того что переписывает историю (--amend, rebase, и т.п.),
то скорее всего у тебя какая-то интеграция настроена, которая это делает. Посмотри, что у тебя в папке .git/hooks

А что в коммитах-то, которые мержатся (содержимое)?