M>Я бы попробовал git clone ... --reference-if-able <local repo>, где <local repo> — какой-нибудь локальный repo, где уже есть нужный submodule. Тогда git не будет скачивать файлы для submodule, а возьмёт их из <local repo>. Также можно ещё добавить ключик --dissociate, чтобы не было зависимостей между локальными repo.

Update: для git submodule update этот ключик называется --reference

Mumitroller.