Здравствуйте, Salih, Вы писали:

S>перечисляя все окна с помощью EnumChildWindows, найти hwnd окна, которое нужно скрыть.
S>во время перечисления необходимо смотреть на ProcessId с помощью функции GetWindowThreadProcessId

Осталось еще рассказать каким образом из VBS скрипта можно получить доступ к WINAPI функциям.

По факту сделать такое без использования сторонних компонентов нельзя.
Если есть вариант зарегистрировать в системе сторонний ActiveX, то можно погуглить в сторону windowsystemobject или dynwrapx