За это спасибо конечно, но суть проблемы в том что я в скрипте эти параметры не получаю.
То есть в $_GET'е у меня почему-то ничего кроме пути к файлу нет.

Хотя запрос был с GET'ом
http://myhost.com/newfolder/setup.php?go=forward

В скрипте, куда прописан редирект вижу что
$_GET['url'] == "newfolder/setup.php"
То, что было за знаком вопроса обрезалось...

Может RewriteRule подправить как-то надо?