Здравствуйте, Starter, Вы писали:

S>Программа запускает vbscript используя функцию
S>ShellExecute(NULL, NULL, vbsfile, NULL, NULL, SW_SHOWNORMAL);
S>Как мне узнать, когда он отработает, чтобы удалить его?

По-моему, лучше вместо ShellExecute использовать ShellExecuteEx. Эта функция предоставляет HANDLE процесса, который можно использовать в WaitForSingleObject или периодически дергать GetExitCodeProcess.