Здравствуйте, v14d, Вы писали:

V>Проблема в следующем, мне нужно хранить Handle некоторого приложения в протяжении всего его существования (от запуска до закрытия), и чуть ли не существования системы, потому что это приложение запускается почти что вместе с системой (скажем так, компьютер включают только ради него).

Поставь на поток, владеющий этим окном хук WH_CALLWNDPROC*,
тогда при разрушении окна можно реагировать на WM_DESTROY.