Здравствуйте, mr_trwister, Вы писали:
_>всего несколько десятков/сотен тысяч событий, которые могут возникать с заданной периодичностью.
_>такое большое количество событий я указал, чтобы подвести к мысли, что WaitForMultipleObjects имеет ограничение на 64 ожидаемых WaitableTimer.

CreateTimerQueue, CreateTimerQueueTimer вам в помощь

вроде как все условия выполняются, если я конечно внимательно все прочитал