L>Есть у IE замечательная штука — "Сохранить веб-страницу полностью"
L>При этом он создает еще и каталог со связанными файлами, который при удалении базового файла тоже удаляется.
L>Да при переименовании этого каталога, вылезает мессага типа "Если этот файл будет переименован, то он не будет принадлежать папке...", хотя файл выше уровня каталога

Это фишка реализована на уровне Windows Explorer'а, а не файловой системы. Попробуй удалить страничку в Far'е или в Total Commander'е — удаляться будут по отдельности. Так что тут только самому если такое же сделать.