Директории однако не перемещаются даже в буте, но некоторые дефраги это умеют. Неужели они работают с FAT-ом напрямую, без DafragAPI, или надо как-то по-вумному открыть?

Я открываю так:
ZwCreateFile(&hFile, GENERIC_READ, &objectAttr, &iosb, 0, 0, FILE_SHARE_READ | FILE_SHARE_WRITE, FILE_OPEN, FILE_OPEN_FOR_BACKUP_INTENT, 0, 0);