P>Кажись в MessageBox первым аргументом можно передать хэндл на сплэш.

Так делать не стоит, по своему опыту. Если эти два потока потока работают несинхронно то сплэш закроется и закроет вместе с собой MessageBox.
Отслеживать количество чайлдов на сплэше тоже не выход. при определнных языковых настройках там может оказатся еще одно системное, скрытое окошко IM.. чего то там(для азиатских языков).

Лучший выход — самозахлапывающийся сплэш. по завершению загрузки, по таймеру или по клику мышки.
И нормальный парент у MessageBox, а не NULL.