AI>Здравствуйте,подскажите,как можно осуществить программным путём сокрытие папки и всего ,что в ней находится так, что бы даже когда включен режим "показывать скрытые файлы и папки" ее не было видно.

Драйвер-фильтр файловой системы.

AI>Знаю,что вроде надо перехватить NTQueryDirecoryFiles()...

Во-первых, NtQueryDirectoryFile(), во-вторых, забудь об этом, я написал выше как правильно.