L>т е система может ни чего не оставлять в $INDEX_ROOT даже если там есть место?
Может поступить как угодно, вплоть до того, что выделить дополнительную MFT запись, в неё поместить весь root (имен 10-12 туда влезет), а в главной записи завести attribute list.
Это по сравнению с тем, чтобы (если место в основной записи для root заполнилось) — выделить кластер для index allocation, завести аттрибуты index_allocation и index_bitmap и перенести полностью или частично файлы из root в index.

Но есть ньюансы:
Обычно три файла в каталоге $Extend свободно помещаются в root, но если их поместить в index_allocation, то WinXP не распознает такой NTFS, хотя естественно с точки зрения chkdsk ( и более старших windows ) этот том нормальный.

Есть еще подобные known issue связанные с драйвером NTFS.
Одна из них — количество фрагментов например sparsed или compressed(не пробовал) файла.
Если их больше 10000 (наблюдал на 30 тыс), то 2K/XP увидев такой файл падают в синий экран, более старшие версии просто не открывают такой файл.
С точки зрения chkdsk — все нормально.