Makefile это гибрид. Декларативно описываются цели сборки и их зависимости. В то же время сами инструкции для сборки описываются императивно.

На мой взгляд основная проблема Makefile-ов в их плохой расширяемости и реюзабельности. Сложно скопипастить в произвольный Makefile откуда-нибудь простую строчку, чтобы в твоём проекте начались конкатенироваться и сжиматься JS-файлы. Нужно очень хорошо понимать, как это всё работает. В противовес, например, maven-у, который решает множество задач путём простой копипасты из инструкции, им пользуются куча людей, которые не особенно понимают, как он работает. Поэтому он и стал таким популярным. Никто не хочет тратить время на изучение второстепенного инструмента.