Биоинформатика
От: Kubyshev Andrey  
Дата: 02.12.08 11:03
Оценка: :))) :)))
Всем привет,
Я тут интересуюсь всякими новыми тенденциями в мире ИТ, ну и конечно постоянно попадает на глаза всякие расчеты молекул и прочее из перекрестка информатики и биологии. Что они там вообще рассчитывают ? ДНК всякие.... или еще че ..
Или это вообще разводуха ? Я вот бы мог скажем купить микроскоп дорогой что б тоже поучаствовать. Я собирался даже его купить после того как посмотрел фильм о воде. Типа как там плохое слово скажешь в нее и она меняется. Ну и в этом фильме показывали как она меняется. Сказали что это можно увидеть в такой-то микроскоп (стоит примерно 70 тыр) щас не помню какой именно. Я собрался покупать его, но ума хватило почитать что пишет инет сообщество. Как оказалось эти водные кластеры вообще не видны ничем, и их поведение просто сэмулировали в 3Д редакторе. Короче развод по полной.
На фоне всего этого вопрос ... в каких биологических расчетах я могу поучаствовать (кроме анализа кала) ? Типа вирус гриппа увидеть и обнаружить как то компьютерно.. Вот было бы зашибись
Re: Биоинформатика
От: Sergey Россия  
Дата: 02.12.08 11:05
Оценка:
"Kubyshev Andrey" <6532@users.rsdn.ru> wrote in message news:3196836@news.rsdn.ru...
> Всем привет,
> Я тут интересуюсь всякими новыми тенденциями в мире ИТ, ну и конечно постоянно попадает на глаза всякие расчеты молекул и прочее из перекрестка информатики и биологии. Что они там вообще рассчитывают ? ДНК всякие.... или еще че ..
> Или это вообще разводуха ? Я вот бы мог скажем купить микроскоп дорогой что б тоже поучаствовать. Я собирался даже его купить после того как посмотрел фильм о воде. Типа как там плохое слово скажешь в нее и она меняется. Ну и в этом фильме показывали как она меняется. Сказали что это можно увидеть в такой-то микроскоп (стоит примерно 70 тыр) щас не помню какой именно. Я собрался покупать его, но ума хватило почитать что пишет инет сообщество. Как оказалось эти водные кластеры вообще не видны ничем, и их поведение просто сэмулировали в 3Д редакторе. Короче развод по полной.
> На фоне всего этого вопрос ... в каких биологических расчетах я могу поучаствовать (кроме анализа кала) ? Типа вирус гриппа увидеть и обнаружить как то компьютерно.. Вот было бы зашибись

Folding@home пойдет?
Posted via RSDN NNTP Server 2.1 beta
Одним из 33 полных кавалеров ордена "За заслуги перед Отечеством" является Геннадий Хазанов.
Re[2]: Биоинформатика
От: Kubyshev Andrey  
Дата: 02.12.08 11:11
Оценка:
S>Folding@home пойдет?

Ну я хотел бы лично увидеть эту сворачиваемость.
Даже может открыть что-то что открыли другие в начале 20 века. Уверен что сейчас все оборудование доступно для обывателя.
Во как меня прет после глицина ...
Re: Биоинформатика
От: inko Россия  
Дата: 02.12.08 11:15
Оценка:
Здравствуйте, Kubyshev Andrey, Вы писали:

KA>Всем привет,

KA>Я тут интересуюсь всякими новыми тенденциями в мире ИТ, ну и конечно постоянно попадает на глаза всякие расчеты молекул и прочее из перекрестка информатики и биологии. Что они там вообще рассчитывают ?

Вот, например, можете ознакомиться, чем "они" "там" занимаются)
Кафедра информационной биологии ФЕН НГУ

не уверен, что без специальной подготовки и доступа в определенные учреждения можно что-то самостоятельно посчитать.
Re: Биоинформатика
От: maggot  
Дата: 02.12.08 15:02
Оценка: -1
Здравствуйте, Kubyshev Andrey, Вы писали:

Что такое бионформатика? Изучение связи генов с тем, как они в точности определяют строение организма? Или изучение действия ферментов в организме. Организм это большая химическая реакция. И чтобы выявлять эти связи, её нужно рассчитывать.

Вся проблема в том, что в науке Химия нет строгой теории. Ой, только не надо говорить, что она там есть. Химия не дает в общем случае ответ на вопрос то, что может получиться в результате хим реакции. Можно только попробовать провести реакцию, а потом всякими изощренными методами пытаться понять, что получилось. И записать это в учебник.

За то, на этот вопрос дает ответ физика. Можно создать физическую модель и проэмулировать реакцию.
На практике сложность такого алгоритма растёт экспоненциально от числа атомов.
Поэтому, на обычном компе такую задачу не решить. Для этого сейчас используются сети из компов, чтобы распараллеливать вычисления.
На квантовых компьютерах некоторые задачи, которые решаются на обычных сутки, можно будет решать за секунды.

ИМХО пока не изобрели мощные квантовые компы, заниматься этим бесполезно.

PS Если не работаешь в каком нибудь институте, в котором всем этим занимаются, чего то изучить, придумать.. нереально. Остается только читать новости и различные статьи по теме.
Re: Биоинформатика
От: DenysSG  
Дата: 02.12.08 16:33
Оценка: 2 (1)
на днях купил
http://www.amazon.com/Developing-Bioinformatics-Computer-Skills-Cynthia/dp/1565926641

пока ещё не читал, но вроде информации достаточно.
Re: Биоинформатика
От: McSeem2 США http://www.antigrain.com
Дата: 02.12.08 23:32
Оценка:
Здравствуйте, Kubyshev Andrey, Вы писали:

KA>Я собирался даже его купить после того как посмотрел фильм о воде. Типа как там плохое слово скажешь в нее и она меняется. Ну и в этом фильме показывали как она меняется. Сказали что это можно увидеть в такой-то микроскоп (стоит примерно 70 тыр) щас не помню какой именно.


Мрак...
Если уж на относительно образованных людей это фуфло действует, что говорить о большинстве обывателей? Гениталии бы отвинтить таким "режиссерам".
McSeem
Я жертва цепи несчастных случайностей. Как и все мы.
Re[3]: Биоинформатика
От: Cyberax Марс  
Дата: 02.12.08 23:35
Оценка:
Здравствуйте, Kubyshev Andrey, Вы писали:

S>>Folding@home пойдет?

KA>Ну я хотел бы лично увидеть эту сворачиваемость.
PlayStation 3 (на ней Folding@Home работает) умеет показывать то, что сейчас сворачивается.

KA>Даже может открыть что-то что открыли другие в начале 20 века. Уверен что сейчас все оборудование доступно для обывателя.

KA>Во как меня прет после глицина ...
Купи простой микроскоп и смотри за бактериями. Можешь даже заняться чем-нибудь типа окрашивания по методы Грама.
Sapienti sat!
Re[2]: Биоинформатика
От: AndrewVK Россия http://blogs.rsdn.org/avk
Дата: 02.12.08 23:41
Оценка:
Здравствуйте, McSeem2, Вы писали:

MS>Если уж на относительно образованных людей это фуфло действует


Ты знаешь, почитывая иногда топики в "о работе" и "флейме", я бы насчет образованности обобщать не стал. Иногда уровень инженерной подготовки некоторых вроде-бы-программистов убивает наповал. Но это еще полбеды. Куда больше меня изумляют товарищи, яростно отстаивающие свое право на дилетантизм.
... << RSDN@Home 1.2.0 alpha 4 rev. 1120 on Windows Vista 6.0.6001.65536>>
AVK Blog
Re[2]: Биоинформатика
От: Cyberax Марс  
Дата: 02.12.08 23:41
Оценка: +1
Здравствуйте, maggot, Вы писали:

M>Вся проблема в том, что в науке Химия нет строгой теории. Ой, только не надо говорить, что она там есть.

Есть. Только в физике — называется "квантовая механика".

M>Химия не дает в общем случае ответ на вопрос то, что может получиться в результате хим реакции. Можно только попробовать провести реакцию, а потом всякими изощренными методами пытаться понять, что получилось. И записать это в учебник.

Это тоже неправда. Для неорганики большинство реакций совершенно предсказуемы даже без компьютеров. А уж с компьютерами так вообще.

Сложные реакции требуют более сложных методов. Но их моделирование вполне реально. Например, многие лекарства сейчас дизайнят с помощью вот этого метода: http://en.wikipedia.org/wiki/Virtual_high_throughput_screening
Sapienti sat!
Re: Биоинформатика
От: Uzumaki Naruto Ниоткуда  
Дата: 03.12.08 05:06
Оценка:
Здравствуйте, Kubyshev Andrey, Вы писали:

KA>Всем привет,

KA>Я тут интересуюсь всякими новыми тенденциями в мире ИТ, ну и конечно постоянно попадает на глаза всякие расчеты молекул и прочее из перекрестка информатики и биологии. Что они там вообще рассчитывают ? ДНК всякие.... или еще че ..
KA>Или это вообще разводуха ?

Вот возьмите и почитайте, а то сейчас ваша точка зрения напоминает мнение средневекового жителя, когда тот увидел, что кто-то занимается химией: "Не понятно что они там делают... Золото? Колдун..."

KA>Я вот бы мог скажем купить микроскоп дорогой что б тоже поучаствовать. Я собирался даже его купить после того как посмотрел фильм о воде.


У Вас какое образование? Однозначно не высшее-техническое... Зачем вы пытаетесь лезть в науку, если в этом ничего не смыслите? От скуки? Ну да — а куплю ка я микроскоп — вот сосед прийдет — о подумает я умный...

KA> Типа как там плохое слово скажешь в нее и она меняется. Ну и в этом фильме показывали как она меняется. Сказали что это можно увидеть в такой-то микроскоп (стоит примерно 70 тыр) щас не помню какой именно. Я собрался покупать его, но ума хватило почитать что пишет инет сообщество. Как оказалось эти водные кластеры вообще не видны ничем, и их поведение просто сэмулировали в 3Д редакторе. Короче развод по полной.


Хахахах — вы науку решили увидить по телевизору? ХАХАХАХХХАХАХХАХАХХАХАХА

KA>На фоне всего этого вопрос ... в каких биологических расчетах я могу поучаствовать (кроме анализа кала) ? Типа вирус гриппа увидеть и обнаружить как то компьютерно.. Вот было бы зашибись


Вы — ни в каких... Ничего личного: просто у Вас не хватает уровня образования... ни математического, ни биологического, ни боюсь и IT тоже... Из Ваших слов у меня сложилось ощущение, что Вы все три области (математика, IT и биология) воспринимаете не как профессионал, а как некоторое шаманство...
Запомните — шаманам в науке делать нечего, как и в любом другом деле...

Re[3]: Биоинформатика
От: Kubyshev Andrey  
Дата: 03.12.08 10:11
Оценка:
AVK>Ты знаешь, почитывая иногда топики в "о работе" и "флейме", я бы насчет образованности обобщать не стал. Иногда уровень инженерной подготовки некоторых вроде-бы-программистов убивает наповал. Но это еще полбеды. Куда больше меня изумляют товарищи, яростно отстаивающие свое право на дилетантизм.

У меня гуманитарное образование. При поступлении на программиста получил по физике 0 по 10 бальной системе.
Re: Биоинформатика в действии :)
От: justinian Мухосранск  
Дата: 03.12.08 11:06
Оценка: 2 (1) :))
Прислали знакомые спецы по биоинформатике :

1. Одна человеческая клетка содержит 75 Мб генетической информации.
2. Один сперматозоид содержит 37.5 Мб.
3. В 1 мл содержится около 100 млн. сперматозоидов.
4. В среднем эякуляция длится 5 сек и составляет 2.25 мл спермы.
5. Таким образом, пропускная способность мужского члена в качестве информационнного канала составляет:

( 37.5 Mb х 100M x 2.25 ) / 5 sec = 1 687 500 000 Mbyte/sec = 1 687.5 Tb/sec (!)
Re[4]: Биоинформатика
От: AndrewVK Россия http://blogs.rsdn.org/avk
Дата: 03.12.08 11:55
Оценка:
Здравствуйте, Kubyshev Andrey, Вы писали:

KA>У меня гуманитарное образование. При поступлении на программиста получил по физике 0 по 10 бальной системе.


Поздравляю. Ты чего этим сказать хотел?
... << RSDN@Home 1.2.0 alpha 4 rev. 1120 on Windows Vista 6.0.6001.65536>>
AVK Blog
Re[2]: Биоинформатика в действии :)
От: AndrewVK Россия http://blogs.rsdn.org/avk
Дата: 03.12.08 11:55
Оценка:
Здравствуйте, justinian, Вы писали:

J>5. Таким образом, пропускная способность мужского члена в качестве информационнного канала составляет:


J>( 37.5 Mb х 100M x 2.25 ) / 5 sec = 1 687 500 000 Mbyte/sec = 1 687.5 Tb/sec (!)


Неверно. Информация во всех сперматозоидах на 99.9% дублируется.
... << RSDN@Home 1.2.0 alpha 4 rev. 1120 on Windows Vista 6.0.6001.65536>>
AVK Blog
Re[3]: Биоинформатика в действии :)
От: Роман Дубров Украина Я@Blogspot
Дата: 03.12.08 12:28
Оценка:
AndrewVK пишет:

> Неверно. Информация во всех сперматозоидах на 99.9% дублируется.


а это уже проблема хоста, а не канала
Posted via RSDN NNTP Server 2.1 beta
http://www.linkedin.com/in/romandubrov .::. http://roman-dubrov.blogspot.com/ .::. http://www.flickr.com/photos/romandubrov/
Re[3]: Биоинформатика в действии :)
От: TMU_1  
Дата: 03.12.08 12:35
Оценка:
J>>5. Таким образом, пропускная способность мужского члена в качестве информационнного канала составляет:

J>>( 37.5 Mb х 100M x 2.25 ) / 5 sec = 1 687 500 000 Mbyte/sec = 1 687.5 Tb/sec (!)


AVK>Неверно. Информация во всех сперматозоидах на 99.9% дублируется.


Не собираясь обсуждать всерьез, все-таки — для оценки канала разве имеет значение характер информации (дублируется/не дублируется)? По-моему, важен только объем...
Re[2]: Биоинформатика в действии :)
От: Vi2 Удмуртия http://www.adem.ru
Дата: 03.12.08 12:41
Оценка:
Здравствуйте, justinian, Вы писали:

J>5. Таким образом, пропускная способность мужского члена в качестве информационнного канала составляет:


Наслаждайся фаервол
Автор: O N A
Дата: 19.11.08
ом на твой канал.
Vita
Выше головы не прыгнешь, ниже земли не упадешь, дальше границы не убежишь! © КВН НГУ
Re[2]: Биоинформатика в действии :)
От: NikeByNike Россия  
Дата: 03.12.08 13:52
Оценка:
Здравствуйте, justinian, Вы писали:

J>1. Одна человеческая клетка содержит 75 Мб генетической информации.

J>2. Один сперматозоид содержит 37.5 Мб.
В 10 раз больше.
Нужно разобрать угил.
Re[3]: Биоинформатика в действии :)
От: Cyberax Марс  
Дата: 03.12.08 13:56
Оценка:
Здравствуйте, NikeByNike, Вы писали:

J>>1. Одна человеческая клетка содержит 75 Мб генетической информации.

J>>2. Один сперматозоид содержит 37.5 Мб.
NBN>В 10 раз больше.
Если сжать — примерно столько и получится. Геном на 90% — это мусор.
Sapienti sat!
Подождите ...
Wait...
Пока на собственное сообщение не было ответов, его можно удалить.